Küçük Ölçekli Laboratuvarlar için NGS ile Başlamak: Neler Gerekli?
Yeni nesil dizileme (NGS), araştırma ve tanı alanlarında devrim yaratmaya devam ederken, birçok küçük ve orta ölçekli laboratuvar da bu teknolojiye geçiş yapmayı planlıyor. Ancak yüksek maliyetli sistemler, karmaşık altyapı gereksinimleri ve uzman personel ihtiyacı bazı kurumlar için bu geçişi zorlaştırabiliyor.
Bu yazımızda, NGS ile yeni tanışacak küçük ölçekli laboratuvarlar için başlangıçta nelerin gerekli olduğunu, hangi uygulamaların düşük kapasiteli sistemlerde yürütülebileceğini ve bu yolda hangi cihazların işleri kolaylaştırdığını özetliyoruz.
NGS teknolojisi, klasik PCR yöntemlerine kıyasla çok daha yüksek doğrulukta, çok sayıda hedef bölgeyi aynı anda analiz etme imkânı sunar.
Özellikle aşağıdaki alanlarda NGS geçişi önemli avantajlar sağlayabilir:
- Mikrobiyal tanımlama (16S rRNA, metagenomik analizler)
- Küçük gen paneli analizleri (ör. kanser genetiği)
- Varyant doğrulama çalışmaları
- Taşıyıcılık ve monogenik hastalık taramaları
Küçük Laboratuvarlar için NGS'e Geçişte Gerekli Temel Unsurlar
Altyapı ve Alan Gereksinimi
Küçük bir NGS laboratuvarı kurmak için geniş bir alana gerek yoktur. Masaüstü sekanslama cihazları sayesinde minimum 10–12 m²’lik bir alan yeterli olabilir.
Temel Donanım
- DNA/RNA izolasyon ekipmanları
- Pipet setleri ve santrifüj
- PCR cihazı (kütüphane hazırlık için)
- Küçük ölçekli biyoinformatik analiz için bilgisayar sistemi
Basit ve Entegre Cihaz Seçimi
NGS’in en kritik adımlarından biri uygun cihaz seçimidir. İlk yatırım maliyeti, çalıştırma kolaylığı ve uygulama esnekliği, küçük laboratuvarlar için belirleyici kriterlerdir.
MiSeq i100 Series
NextSeq 1000/2000
Uygulama Örnekleri: Hangi Çalışmalarla Başlanabilir?
16S rRNA Sekanslama: Mikrobiyom analizlerinin temelini oluşturur. Kültür yapılamayan örneklerde mikrobiyal çeşitliliğin belirlenmesi için kullanılır.
MiSeq™ i100 Plus, tek bir kartuşla bu tür hedefli analizleri gerçekleştirmek için idealdir.
Amplicon Bazlı Paneller: Küçük panel çalışmaları, örneğin kanserde sık mutasyona uğrayan birkaç genin hedeflenmesi gibi durumlarda, NGS’in hızlı ve uygun maliyetli avantajlarını kullanma fırsatı sunar.
Varyant Doğrulama: WES/WGS çalışmalarında elde edilen varyantların tekrar test edilmesi için NGS ile küçük hedef bölgeler yeniden sekanslanabilir.
İlk Adımda Doğru Tercih: MiSeq i100 ile NGS’e Geçiş
NGS’e ilk kez geçmek isteyen kurumlar için MiSeq™ i100 Serisi, teknik altyapıyı zorlamadan yüksek kaliteli veriye ulaşmayı mümkün kılar.
- Kompakt boyutu, masaüstü yerleşime olanak tanır
- XLEAP-SBS™ kimyası sayesinde yüksek doğruluk sağlar
- MiSeq™ i100: 1M okuma kapasitesi ile basit uygulamalara uygun
- MiSeq™ i100 Plus: 6M okuma kapasitesi ile daha kapsamlı projeleri destekler
Yalnızca cihaz değil, aynı zamanda kullanıcı eğitimi, kurulum desteği ve yerel teknik servis ile birlikte sunulması, küçük laboratuvarlar için güvenli bir başlangıç sağlar.
Küçük Başlayın, Büyük Fark Yaratın
NGS teknolojisi, yalnızca büyük merkezlerin tekelinde olmak zorunda değil. Uygun cihaz seçimi, doğru eğitim ve temel altyapı ile küçük ölçekli laboratuvarlar da genomik dünyaya güçlü bir adım atabilir.
İlk adımı atmak için teknik danışmanlık veya demo talebi oluşturmak isterseniz, bizimle iletişime geçebilirsiniz.